Erzherzog Franz Ferdinand von Österreich-Este wollte auch im Tod nicht von seiner Frau Herzogin Sophie von Hohenberg, geborene Sophie Chotek von Chotkowa, getrennt sein. Aufgrund ihrer sogenannten Unebenbürtigkeit – sie entstammte keinem regierenden Herrscherhaus – blieb ihr jedoch die Beisetzung in der traditionellen Kapuzinergruft der Habsburger in Wien verwehrt.
Den unmittelbaren Anlass für den Bau der Familiengruft bildet die Totgeburt eines vierten Kindes im Herbst 1908. Der kleine Sarg wird zunächst in einem Vorraum der Schlosskirche aufgestellt.
1909 erteilt Erzherzog Franz Ferdinand den Auftrag zur Errichtung einer Familiengruft unter dem Vorplatz der Schlosskirche von Schloss Artstetten. Gegenüber einer kleinen Kapelle entsteht ein schlichter Raum. Nach dem Wunsch des Thronfolgers sollen die Särge einfach nebeneinander am Boden stehen. Insgesamt finden dort zwölf Särge Platz.
Nach der Beisetzung von Franz Ferdinand und Sophie am 4. Juli 1914, wenige Tage nach dem Attentat von Sarajevo, wird die Gruft bald zu einem Ort des Gedenkens und der stillen Verehrung. Der Vormund der drei Waisen beschließt daher, der Gruft ein würdigeres Erscheinungsbild zu geben.
1917 entstehen neue monumentale Sarkophage aus Untersberger Marmor. Der kleine Sarg des verstorbenen Kindes, der zuvor zwischen den Särgen der Eltern stand, wird in einer verschlossenen Wandnische beigesetzt.
In den Jahren 1955/56 wird die Gruft unter dem Kirchturm und der südlichen Schlossterrasse aufwendig erweitert.
In der Familiengruft von Schloss Artstetten sind Erzherzog Franz Ferdinand und seine Frau Sophie von Hohenberg begraben, auch ihre Söhne mit ihren Ehefrauen sowie mehrere Enkel des Thronfolgers.
Die Familiengruft kann während der Museumsöffnungszeiten besucht werden. Sie ist kein Ort touristischer Unterhaltung, sondern ein Platz des stillen Gedenkens. Besucherinnen und Besucher sind eingeladen, die Gruft in Würde und Hochachtung zu betreten.
